Les juntes de l'intercanviador de calor estan fetes de diversos materials amb diferents característiques. Els materials de juntes habituals, com ara el cautxú, tenen una bona elasticitat, cosa que els permet adaptar-se als canvis de temperatura i pressió durant el funcionament de l'intercanviador de calor, segellant eficaçment la interfície i evitant les fuites de mitjans. Les juntes de goma també tenen un cert grau de resistència a la corrosió, oferint certa resistència als mitjans corrosius comuns com àcids i àlcalis, allargant així la vida útil de l'intercanviador de calor.
D'altra banda, les juntes d'amiant tenen una alta-resistència a la temperatura, mantenint un rendiment estable en entorns d'alta-temperatura i no s'estova o es fonen fàcilment, garantint el funcionament normal de l'intercanviador de calor en condicions d'alta-temperatura. No obstant això, a causa dels perills potencials per a la salut de l'amiant, en els últims anys s'ha anat substituint gradualment per altres materials respectuosos amb el medi ambient.
Les juntes de politetrafluoroetilè (PTFE) tenen un coeficient de fricció extremadament baix, que redueix el desgast de les superfícies de segellat dels intercanviadors de calor, reduint la resistència operativa. També tenen una bona resistència a la corrosió química, resistint gairebé tots els productes químics, ja siguin àcids forts, àlcalis forts o dissolvents orgànics.
Les juntes metàl·liques, com ara les juntes de coure, tenen una alta resistència i conductivitat tèrmica, proporcionant un segellat fiable en condicions d'alta temperatura i alta pressió. A més, contribueixen a la transferència de calor, millorant l'eficiència de l'intercanvi de calor.
